根據清理整頓各類交易場所部際聯席會議辦公室對各類交易場所進行摸底調查的工作要求，海南證監局、海南省政府金融辦、海南省商務廳、海南省工商局、海南省政府國資委和海南省工信廳等6單位成立了聯合調查組，對海南各類交易場所進行現場調查。
聯合調查組于2016年10月20日到海南股權交易中心進行現場摸底調查。海南證監局機構監管處副處長韓宇、海南省政府金融辦資本信用處副處長葛海霞、海南省商務廳市場體系建設處調研員陳大富、海南省工商局企業注冊局副局長唐小旺、海南省政府國資委產權管理處副處長李云開蒞臨調查。
海南股權交易中心副總裁吳惠玉、副總裁程棟才以及登記托管部、掛牌管理部、企業服務部、財務結算部等相關部門負責人參加了現場調查會，并從海南股權交易中心的設立審批、業務運行、內部管理、交易品種、交易規則、交易方式、會員以及投資者等方面向調查組匯報了自查情況。調查組隨后查看了海南股權交易中心交易系統狀況，并查閱了海南股權交易中心公司證照、交易品種清單、業務制度及合同等重要文件資料。
調查組對海南股權交易中心高度重視、精心準備本次摸底調查工作予以肯定，并就如何推動中小微企業掛牌融資和企業股權托管業務進行了深入交流，希望海南股權交易中心嚴格遵守《國務院關于清理整頓各類交易場所切實防范金融風險的決定》（國發〔2011〕38號文）和《國務院辦公廳關于清理整頓各類交易場所的實施意見》（國辦發〔2012〕37號文）的規定運營，發揮更大的作用，積極幫助海南中小微企業對接資本市場。